GAMBARAN UMUM VIRUS
Virus merupakan agen infeksius terkecil dengan diameter sekitar 20 nm sampai kira-kira 300 nm yang hanya mempunyai 1 jenis asam nukleat (RNA atau DNA) sebagai genom mereka. Asam nukleat terbungkus oleh mantel protein yang dikelilingi oleh membran lipid. Unit infeksius secara keseluruhan disebut virion. Dalam lingkungan ekstraseluler, virus akan inert(diam). Virus hanya akan mengalami replikasi di dalam sel hidup dengan menjadi parasit pada tingkat gen. Asma nukleat virus mengandung informasi penting untuk bisa menghasilkan keturunannya yaitu dengan cara memprogram sel inang yang diinfeksinya agar mensintesis makromolekul virus spesifi. Setiap siklus replikasi menghasilkan asam nukleat dan mantel protein virus dalam jumlah yang banyak. Mantel protein virus bergabung bersama-sama membentuk kapsid yang berfungsi membungkus dan menjaga stabilitas asam nukleat virus terhadap lingkungan ekstraseluler. Selain itu juga berfungsi untuk mempermudah penempelan serta penetrasi virus terhadap sel baru yang dapat dimasukinya. Infeksi virus terhadap sel inang yang dimasukinya bisa berefek ringan atau bahkan tidak berefek sama sekali namun juga mungkin juga bisa membuat sel inang rusak atau bahkan mati.
Virus di dunia ini sangat banyak ragamnya. Virus bervariasi dalam hal struktur, organ genom, ekspresi maupun strategi replikasi dan transmisinya. Demikian pula dengan inang untuk satu virus, bisa sangat luas atau juga bisa sangat terbatas. Virus diketahui bisa menginfeksi organisme bersel satu seperti mikoplasma, bakteri, alga, dan semua bintang atau tanaman tingkat tinggi.
ISTILAH DAN DEFINISI DALAM VIROLOGI
1. Kapsid
merupakan selubung/mantel protein yang membungkus materi genetik berupa asam nukleat.
2. Kapsomer
merupakan sub unit penyusun kapsid dan merupakan unit morfologi yang terletak di atas iscosahedral virus (bagian virus yang memiliki bentuk).
3. Virus lemah
merupakan partikel virus yang secara fungsional kekurangan aspek-aspek dalam replikasi, misalnya semua bentuk virus di udara bersifat inert sebelum masuk ke dalam tubuh hospes.
4. Amplop
merupakan membran yang tersusun oleh fosfolipid dan glikoprotein dalam bentuk peplomers yang melindungi atau membungkus unit struktural kapsid beserta isinya.
5. Nukleokapsid
merupakan unit struktural berupa protein yang membungkus genom virus bedanya dengan kapsid adalah kalau kapsid terletak di luar namun jika nukleokapsid itu terletak di dalam atau menyelubungi genom virus secara langsung, virus yang mempunyai membran ganda tersebut berupa nukleokapsid dan fosfolipid adalah jenis virus RNA (Orthomyxovirus, Rhadobvirus, Lentivirus dll)
6. Unit struktur
merupakan subtansi dasar pembentuk suatu kompleksitas pada bagian atau bagian tertentu dan merupakan protein dasar pembentuk dinding kapsid biasanya terdiri atas protein yang tidak identik serta unit struktur ini sering disebut protomer
7. Sub unit
sebuah rantai polipeptida virus yang berkumpul menjadi satu
8. Virion
merupakan partikel virus lengkap, beberapa contoh seperti (papovavirus, picornavirus, adenovirus dll yang merupakan virion dengan nukleokapsid), virus komplek lain yang memiliki struktur nukleokapsid dengan kapsid yang membungkusnya adalah (Herpesvirus, Orthomyxovirus). Virion berfungsi mengantarkan genom virus dari sel hospes satu ke lainnya
GAMBAR VIRUS
a. Virus Berbentuk Icosahedral
Adenovirus
b. Virus berbentuk Bulat
PROSES EVOLUSI VIRUS
Asal mula virus tidak diketahui dengan pasti. Terdapat perbedaan mendalam antara virus DNA, virus RNA dan virus yang memiliki RNA-DNA sebagai material genetik selam tahap diferensiasi dari siklus hidup mereka. Hal ini bisa dimengerti, karena perbedaan jenis agen mungkin diakibatkan dari perbedaan asal mulanya. Ada 2 teori asal mula virus yang dapat terangkum seperti dibawah ini :
1. Virus mungkin berasal dari DNA, RNA atau dari kedua komponen asam nukleat sel inang
Kemudian virus ini dapat melakukan replikasi secara autonom dan lambat laun secara independen. Virus ini mirip dengan gen yang diambil isinya sehingga virus akan muncul menjadi sel yang independen. Beberapa jenis virus ini berhubungan dengan bagian gen sel yang memberi kode protein pada daerah fungsional. Beberapa virus terkecil mungkin mengalami evolusi dengan cara ini
Kemudian virus ini dapat melakukan replikasi secara autonom dan lambat laun secara independen. Virus ini mirip dengan gen yang diambil isinya sehingga virus akan muncul menjadi sel yang independen. Beberapa jenis virus ini berhubungan dengan bagian gen sel yang memberi kode protein pada daerah fungsional. Beberapa virus terkecil mungkin mengalami evolusi dengan cara ini
2. Virus mungkin mengalami degenerasi bentuk dari parasit intraseluler
Namun begitu tidak ada bukti bahwa virus berevolusi dari bakteri, walaupun organisme intraseluler obligat yang lain bisa terjadi, seperti rickettsia dan chlamidia. Tetapi virus pox terlalu besar dan komplek dimana mereka mungkin mewakili hasil evolusi, dari beberapa sel ancestor.
Namun begitu tidak ada bukti bahwa virus berevolusi dari bakteri, walaupun organisme intraseluler obligat yang lain bisa terjadi, seperti rickettsia dan chlamidia. Tetapi virus pox terlalu besar dan komplek dimana mereka mungkin mewakili hasil evolusi, dari beberapa sel ancestor.
KLASIFIKASI VIRUS
1. Dasar Klasifikasi
Sifat-sifat berikut ini telah digunakan sebagai dasar untuk mengklasifikasikan virus. Data deretan gen dapat memperluas kriteria taksonomi (contoh : jenis gen) dan mungkin bisa melengkapi dasar-dasar untuk membentuk keluarga virus baru.
a. Morfologi virion
meliputi ukuran, bentuk, jenis kapsid, ada tidaknya pelopmers dan membrannya
b. Bagian-bagian fisikokimia virion
meliputi banyaknya molekul, berat jenis, stabilitas pH, stabilitas suhu dan tingkat pengaruhnya terhadap agen fisik dan kimiawi, khususnya ether dan detergen
c. Bagian -bagian gen virus
meliputi jenis asam nukleat (RNA dan DNA), ukuran gen dalam kilobase (kb) atau kilobase pair (kbp), untaian (tunggal atau ganda), apakah linier atau sirkuler, sense (positif, negatif, ambiesense), segmen (jumlah, ukuran), deretan nukleotid, isi G + C, adanya fitur khusus (elemen berulang, isomerisasi cap terminal 5', terminal 5' protein yang terangkai secara kovalen, terminal 3'jalur poli(A)
d. Bagian-bagian protein virus
meliputi jumlah, ukuran,, dan aktivitas fungsional dari protein struktural dan nonstruktural, deretan asam amino, modifikasi (glikosilasi, fosforilisasi, miristilasi) dan aktivitas fungsional khusus (transkiptase, membatalkan transkriptase, neuraminidase, aktivitas penggabungan/fusi).
e. Organisasi dan replikasi gen
meliputi jenis gen, jumlah dan posisi kerangka pembacaan terbuka
f. Bagian-bagian antigen
g. Bagian-bagian Biologi
termasuk kisaran inang alami, cara penularan, hubungan dengan vektor, patogenitas jaringan, dan patologi.
Sifat-sifat berikut ini telah digunakan sebagai dasar untuk mengklasifikasikan virus. Data deretan gen dapat memperluas kriteria taksonomi (contoh : jenis gen) dan mungkin bisa melengkapi dasar-dasar untuk membentuk keluarga virus baru.
a. Morfologi virion
meliputi ukuran, bentuk, jenis kapsid, ada tidaknya pelopmers dan membrannya
b. Bagian-bagian fisikokimia virion
meliputi banyaknya molekul, berat jenis, stabilitas pH, stabilitas suhu dan tingkat pengaruhnya terhadap agen fisik dan kimiawi, khususnya ether dan detergen
c. Bagian -bagian gen virus
meliputi jenis asam nukleat (RNA dan DNA), ukuran gen dalam kilobase (kb) atau kilobase pair (kbp), untaian (tunggal atau ganda), apakah linier atau sirkuler, sense (positif, negatif, ambiesense), segmen (jumlah, ukuran), deretan nukleotid, isi G + C, adanya fitur khusus (elemen berulang, isomerisasi cap terminal 5', terminal 5' protein yang terangkai secara kovalen, terminal 3'jalur poli(A)
d. Bagian-bagian protein virus
meliputi jumlah, ukuran,, dan aktivitas fungsional dari protein struktural dan nonstruktural, deretan asam amino, modifikasi (glikosilasi, fosforilisasi, miristilasi) dan aktivitas fungsional khusus (transkiptase, membatalkan transkriptase, neuraminidase, aktivitas penggabungan/fusi).
e. Organisasi dan replikasi gen
meliputi jenis gen, jumlah dan posisi kerangka pembacaan terbuka
f. Bagian-bagian antigen
g. Bagian-bagian Biologi
termasuk kisaran inang alami, cara penularan, hubungan dengan vektor, patogenitas jaringan, dan patologi.
2. Sistem Taksonomi Virus Universal
Sistem taksonomi yang telah ditetapkan yaitu virus dibagi menjadi kelompok utama yang disebut famili virus yang mempunyai akhiran viridae, sebagai dasar dari morfologi virus, struktur gen dan strategi replikasi. Di dalam setiap famili , subdivisinya disebut- genera - yang biasanya berdasar pada perbedaan serologi dan fisikokimia. Kriteria yang digunakan untuk mendefinisikan genera bervariasi dari famili ke famili. Nama genus mempunyai akhiran -virus. Pada 4 famili (Poxiviridae, Herpesviridae, Parvoviridae, Paramyxoviridae), kelompok besar yang disebut subfamili didefinisikan dengan mempertimbangkan kompleksitas hubungan diantara anggota virus. Jenis-jenis virus mungkin digunakan untuk mengelompokkan familli virus yang memiliki karakter yang umum. Hanya 1 jenis yang saat telah didefinisikan yaitu : Famili Mononegavirales, meliputi famili Filoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae. Sejak tahun 1995, The International Commitee on Taxonomy of Viruses telah mengumpulkanlebih dari 4000 virus binatang dan tumbuhan menjadi 71 famili, 11 subfamili, dan 164 genera. Tetapi masih ada ratusan virus yang masih belum ditentukan, 24 famili virus diantaranya bisa menginfeksi manusia dan binatang.
Famili Virus
A. Parvoviridae, Papovaviridae, Adenoviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa DNA, berbentuk icosahedral, tidak mempunyai amplop, resisten terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer sebesar 32 72 252, ukuran asam nukleat partikel virus (nm) sebesar 18 - 26, 45 - 55, 80 - 110, jenis fisik di dalam Virion (kb/kbp) 5,6 5-8 36-38, Aseam Nukleat ss , ds sirkuler ds.
B. Hepadnaviridae, Herpesviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa DNA, berbentuk icosahedral, mempunyai amplop, sangat sensisitif terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer sebesar 180 dan 162, ukuran asam nukleat partikel virus (nm) yaitu sekitar 40 - 48 dan 150 - 200, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) yaitu sebesar 36-38, Asam Nukleat ds sirkuler dan ds.
C. Poxviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa DNA, virion berbentuk komplek, lapisan mantel virus komplek, tidak diketahui ukuran jumlah kapsomer, ukuran asam nukleat partikel virus yaitu sebesar 230x400, jenis fisik dalam virion (kb/kbp) sebesar 130 - 375, asam nukleat ds.
D. Picornaviridae, Astroviridae, Caliciviridae, Reoviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa RNA, virion berbentuk icosahedral, tidak memiliki amplop, bersifat resisten terhadap ether, ukuran kapsomer yaitu sebesar 32 32 132, ukuran Asam Nukleat Partikel Virus sebesar 28 - 30 ,28 - 30, 27 - 38, 60 - 80, Jenis Fisik di dalam Virion (kb/kbp) sebesar 7,2 - 8,4 7,2 - 7,9 7,4 - 7,7 16 - 27 nm, asam nukleat yaitu terdiri atas ss ss ss ds-bersegmen.
E. Togaviridae
Inti asam nukleat berupa RNA, mempunyai amplop bersifat sensitif terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer adalah 42 , ukuran partikel asam nukleat yaitu 50 - 70 nm, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) 9,7 - 11,8 , asam nukleat berupa ss.
F. Flaviviridae, Arenaviridae, Coronaviridae, Retroviridae
Inti asam nukleat berupa RNA, bentuk virion yaitu tidak diketahui karena sangat kompleks, memiliki amplop, sangat sensitif terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer tidak diketahui, ukuran asam nukleat partikel virus yaitu sebesar 45-60, 50-300, 80-220, 80-110 nm, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) yaitu sebesar 9,5-12,5 , 10-14 , 20-30, 7-11, asam nukleat berupa ss ss-bersegmen ss diploid.
G. Bunyaviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae, Bornaviridae, Filoviridae
Inti asam nukleat berupa RNA, bentuk virion heliks mempunyai amplop, sensitif terhadap pemberian ether, ukuran jumlah kapsomer tidak diketahui, ukuran asam nukleat partikel virus sebesar 80-120, 80-120, 150-300, 75-180, 80-1000 nm, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) sebesar 11-21 ,10-13,6 ,16-20, 13-16, 8,5-10,5 ,19,1, asam nukleat berupa ss-bersegmen, ss-bersegmen, ss, ss, ss, ss.
Sistem taksonomi yang telah ditetapkan yaitu virus dibagi menjadi kelompok utama yang disebut famili virus yang mempunyai akhiran viridae, sebagai dasar dari morfologi virus, struktur gen dan strategi replikasi. Di dalam setiap famili , subdivisinya disebut- genera - yang biasanya berdasar pada perbedaan serologi dan fisikokimia. Kriteria yang digunakan untuk mendefinisikan genera bervariasi dari famili ke famili. Nama genus mempunyai akhiran -virus. Pada 4 famili (Poxiviridae, Herpesviridae, Parvoviridae, Paramyxoviridae), kelompok besar yang disebut subfamili didefinisikan dengan mempertimbangkan kompleksitas hubungan diantara anggota virus. Jenis-jenis virus mungkin digunakan untuk mengelompokkan familli virus yang memiliki karakter yang umum. Hanya 1 jenis yang saat telah didefinisikan yaitu : Famili Mononegavirales, meliputi famili Filoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae. Sejak tahun 1995, The International Commitee on Taxonomy of Viruses telah mengumpulkanlebih dari 4000 virus binatang dan tumbuhan menjadi 71 famili, 11 subfamili, dan 164 genera. Tetapi masih ada ratusan virus yang masih belum ditentukan, 24 famili virus diantaranya bisa menginfeksi manusia dan binatang.
Famili Virus
A. Parvoviridae, Papovaviridae, Adenoviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa DNA, berbentuk icosahedral, tidak mempunyai amplop, resisten terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer sebesar 32 72 252, ukuran asam nukleat partikel virus (nm) sebesar 18 - 26, 45 - 55, 80 - 110, jenis fisik di dalam Virion (kb/kbp) 5,6 5-8 36-38, Aseam Nukleat ss , ds sirkuler ds.
B. Hepadnaviridae, Herpesviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa DNA, berbentuk icosahedral, mempunyai amplop, sangat sensisitif terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer sebesar 180 dan 162, ukuran asam nukleat partikel virus (nm) yaitu sekitar 40 - 48 dan 150 - 200, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) yaitu sebesar 36-38, Asam Nukleat ds sirkuler dan ds.
C. Poxviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa DNA, virion berbentuk komplek, lapisan mantel virus komplek, tidak diketahui ukuran jumlah kapsomer, ukuran asam nukleat partikel virus yaitu sebesar 230x400, jenis fisik dalam virion (kb/kbp) sebesar 130 - 375, asam nukleat ds.
D. Picornaviridae, Astroviridae, Caliciviridae, Reoviridae
Mempunyai inti asam nukleat berupa RNA, virion berbentuk icosahedral, tidak memiliki amplop, bersifat resisten terhadap ether, ukuran kapsomer yaitu sebesar 32 32 132, ukuran Asam Nukleat Partikel Virus sebesar 28 - 30 ,28 - 30, 27 - 38, 60 - 80, Jenis Fisik di dalam Virion (kb/kbp) sebesar 7,2 - 8,4 7,2 - 7,9 7,4 - 7,7 16 - 27 nm, asam nukleat yaitu terdiri atas ss ss ss ds-bersegmen.
E. Togaviridae
Inti asam nukleat berupa RNA, mempunyai amplop bersifat sensitif terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer adalah 42 , ukuran partikel asam nukleat yaitu 50 - 70 nm, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) 9,7 - 11,8 , asam nukleat berupa ss.
F. Flaviviridae, Arenaviridae, Coronaviridae, Retroviridae
Inti asam nukleat berupa RNA, bentuk virion yaitu tidak diketahui karena sangat kompleks, memiliki amplop, sangat sensitif terhadap ether, ukuran jumlah kapsomer tidak diketahui, ukuran asam nukleat partikel virus yaitu sebesar 45-60, 50-300, 80-220, 80-110 nm, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) yaitu sebesar 9,5-12,5 , 10-14 , 20-30, 7-11, asam nukleat berupa ss ss-bersegmen ss diploid.
G. Bunyaviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae, Bornaviridae, Filoviridae
Inti asam nukleat berupa RNA, bentuk virion heliks mempunyai amplop, sensitif terhadap pemberian ether, ukuran jumlah kapsomer tidak diketahui, ukuran asam nukleat partikel virus sebesar 80-120, 80-120, 150-300, 75-180, 80-1000 nm, jenis fisik di dalam virion (kb/kbp) sebesar 11-21 ,10-13,6 ,16-20, 13-16, 8,5-10,5 ,19,1, asam nukleat berupa ss-bersegmen, ss-bersegmen, ss, ss, ss, ss.
3. Hasil Penelitian Virus yang Mengandung DNA
A. Parvovirus
A. Parvovirus
Gambar Parvovirus
Virus ini sangat kecil, ukuran partikelnya kira-kira 18-26 nm. Partikel-partikelnya mempunyai tangkup berbentuk kubus, dengan 32 kapsomer tetapi tidak mempunyai amplop. Genom linier, DNA-nya untai tunggal dengan ukuran 5,6 kb. Replikasinya hanya terjadi pada sel yang aktif membelah. Kapsid mengumpul di dalam nukleus sel yang diinfeksi. Beberapa Parvovirus melakukan replikasi secara autonom tetapi virus satelit adenoassociated tidak sempurna, sehingga memerlukan bantuan Adenovirus ataupun Virus Herpes. Human Parvovirus B-19 melakukan replikasi di dalam sel erythroid immatur dan menyebabkan efek yang berat yaitu meliputi krisis aplastik, fifth disase dan kematian janin.
B. Papovavirus
Gambar Papovavirus
Virus ini berukuran kecil 45-55 nm, tidak memiliki amplop, stabil terhadap panas, virus ini resisten terhadap ether dengan tangkup berbentuk kubus dan mempunyai 72 kapsomer. Genom sirkuler dengan DNA untai ganda berukuran 5 kbp (polimavirus) atau 8 kbp (pappilomavirus). Virus ini mempunyai siklus pertumbuhan yang lambat, menstimulasi sintesis DNA sel dan replikasinya di dalam nukleus. Papovavirus manusia yang diketahui adalah virus papilloma (kutil) jumlahnya lebih dari 70 jenis dan virus ini diisolasi dari jaringan otak pasien leukoensefalopati multifokal progresif (JC virus) atau dari urine penerima transplantasi yang menderita imunosupresi (BK virus). SV 40 juga telah ditemukan dari manusia dan beberapa tumor pada manusia. Kebanyakan spesies binatang memberi tempat perlindungan satu atau lebih polimavirus dan papillomavirus. Virus Papova menyebabkan infeksi kronis dan bersifat laten pada inang alaminya dan semua dapat menginduksi tumor pada beberapa spesies binatang. Papillomavirus adalah faktor penyebab utama kanker genital manusia.
C. Adenovirus
Gambar Adenovirus
Virus ini berukuran medium sekitar 80-110 nm, virus tidak mempunyai amplop dengan tangkup berbentuk kubus dan mempunyai 252 kapsomer. Serabut-serabut menonjol dari puncak kapsomer. Genom liniernya yaitu DNA untai ganda berukuran 36-38 kbp. Replikasi terkadi di dalam nukleus. Semua contoh pembelahan menghasilkan mRNA. Sedikitnya 47 jenis yang menginfeksi manusia khususnya di dalam jaringan limfoid. Beberapa Adenovirus dapat menyebabkan pernapasan akut, konjungtivitis, dan gastroenteritis. Beberapa Adenovirus manusia dapat menyebabkan tumor dan banyak serotipe yang menginfeksi binatang.
D. Virus Herpes
Gambar Struktur Virus Herpes
Virus ini merupakan keluarga besar virus besar ddengan diameter sebesar 150 - 200 nm. Diameter nukleokapsidnya sebesar 100 nm dengan tangkup berbentuk kubus dan mempunyai 162 kapsomer serta dikelilingi oleh amplop yang mengandung protein. Genom linier dengan DNA untai ganda berukuran 124-235 kbp. Munculnya deretan terminal dan internal yang berulang merupakan hasil dalam pembentukan beberapa isomer dari genom DNA. Virion mengandung lebih dari 30 jenis protein. Infeksi laten mungkin bisa berlangsung sepanjang hidup inang, biasanya di dalam sel ganglia atau di dalam sel limfoblastoid. Virus Herpes manusia meliputi herpes simpleks tipe 1 dan 2 (lesi oral dan genital), virus varicella zoster (ruam saraf dan cacar air/chicken pox), cytomegalovirus, virus Epstein-Barr (mononukleosis infeksius dan penyebab neoplasma manusi), Virus Herpes manusia 6 -7 (Tlimfotropik) dan Virus Herpes manusia 8 (penyebab sarkoma Kapoksi). Virus Herpes yang lain bisa terjadi pada beberapa binatang.
E. Virus Pox
Gambar Proyeksi Moleculer Small Pox Virus
Virus ini mempunyai ukuran yang besar berbentuk batu bata atau bulat telur, panjang 220-450 nm x lebar 140-260 nm x tebal 140-260 nm. Struktur partikelnya komplek dengan amplop yang mengandung lipid. Genom linier, tertutup secara kovalen, DNA untai ganda berukuran 130-375 kbp. Partikel Virus Pox mengandung kurang lebih 100 protein, termasuk beberapa aktivitas enzimatiknya, seperti pada DNA-dependen RNA polimerase. Keseluruhan proses replikasi terjadi di dalam sitoplasma sel. Semua Virus Pox cenderung dapat menyebabkan lesi kulit, Ada beberapa yang patogen terhadap manusia (smallpox, vaccinia, Moluscum contagiosum), sedangkan lainnya bisa patogen terhadap binatang dan juga bisa menginfeksi manusia (cowpox, monkeypox).
F.Hepadnavirus
Gambar Mikroskop Electron Virus HBV
Virus ini berukuran kecil sekitar 40 - 48 nm, mempunyai molekul DNA untai ganda sirkuler berukuran 3,2 kbp. DNA virus dalam partikel mengandung celah untai tunggal yang besar. Virion yang membawa DNA polimerase bisa membuat molekul untai ganda penuh. Replikasi berperan dalam perbaikan celah untai tunggal dalam DNA, transkripsi RNA dan reverse transkriptase RNA untuk membuat genom DNA. Virus ini terdiri dari inti nukleokapsid icosahedral 27 nm di dalam amplop tertutup yang mengandung lipid dan antigen permukaan virus. Protein permukaan secara karakteristik banyak dihasilkan selam proses replikasi virus yang terjadi di hati kemudian masuk mengikuti aliran darah. Hepadnavirus menyebabkan hepatitis akut dan kronis yaitu infeksi persisten yang menimbulkan resiko tinggi terhadap perkembangan kanker hati. Ada tiga jenis virus yang diketahui bisa menginfeksi mamalia (manusia, woodchuck, tupai tanah) dan lainnya menginfeksi bebek.
A. Picornavirus
Virus ini berukuran kecil sekitar 28 - 30 nm, virus ini resisten dengan ether, mempunyai tangkup yang berbentuk kubus. Genom RNA untai tunggal dan positif-sense yaitu dapat melayani sebagai suatu mRNA, ukuran 7,2-8,4 kb. Kelompok virus yang menginfeksi manusi adalah enterovirus (polio-coxsackie dan echovirus serta virus yang tak common cold) dan hepatovirus (hepatitis A). Rhinovirus bersifat labil terhadap asam dan mempunyai densitas yang kuat. Enterovirus bersifat stabil terhadap asam dan densitasnya rendah. Picornavirus menginfeksi binatang termasuk penyakit kaki dan mulut pada sapi dan ensefalomyocarditis pada tikus.
B. Astrovirus
C. Calicivirus
Virus ini mempunyai ukuran yang sama dengan Picornavirus tetapi agak sedikit lebih besar sekitar 27 - 38 nm. Partikelnya kelihatan mempunyai depresi berbentuk piala pada permukaannya. Genom RNA untai tunggal berukuran 7,4-7,7 kb, positif-sense. Virion tidak memiliki amplop. Virus patogen terhadap manusia yang penting adalah Virus Norwalk, virus ini menyebabkan gastroenteritis akut epidemik dan Hepatitis E virus. Agen lainnya menginfeksi tikus, singa lautm dan primata.
D. Reovirus
Virus ini berukuran medium sekitar 60-80 nm, resisten terhadap ether, non amplop dan mempunyai tangkup berbentuk icosahedral. Partikel mempunyai 2 atau 3 mantel protein dengan saluran memanjang dari permukaan sampai inti, rambut pendek menjuntai dari permukaan virion. Genom linier untai ganda, RNA bersegmen berukuran total 16-27 kbp. Ukuran segmen RNA secara individual antara 680-3900 bp. Replikasi terjadi di dalam sitoplasma. Pemisahan kembali segmen genom terjadi secara cepat. Reovirus manusia termasuk rotavirus yang mempunyai gambaran bentuk roda gigi tertentu yang menyebabkan gastroenteritis. Reovirus yang secara antigen sama, menginfeksi beberapa binatang. Genus Coltivirus termasuk virus demam sengkenit Colorado adalah virus manusia.
E. Arbovirus
Suatu kelompok ekologik virus (bukan famili virus) mempunyai sifat-sifat fisik dan kimia yang berbeda-beda. Semua virus ini (lebih dari 350) mempunyai siklus kompleks melibatkan arthropoda sebagai vektor memindahkan virus ke inang bertulang belakang (vertebrata) dengan cara menggigit. Replikasi virus rupanya tidak melukai arthropoda yang di infeksinya. Arbovirus menginfeksi manusia, mamalia, burung dan ular serta menggunakan nyamuk dan sengkenit (ticks) sebagai vektor. Patogen manusia diantaranya virus dengue, Yellow fever, ensefalitis, dan lainnya. Arbovirus mempunyai bermacam-maca famili virus yaitu meliputi Reo- ,Toga-, Bunya, Rhabdo-, dan Arenavirus.
F. Togavirus
G. Flavivirus
Virus ini memiliki diameter amplopnya sebesar 45-60 nm, mengandung RNA untai tunggal, positif sense. Ukuran genom bervariasi dari 9,5kb (Hepatitis C) sapai 10,7 kb (flavivirus) dan ada yang sampai 12,5 kb (pestivirus). Virion berkembangbiak mengumpul di dalam sisternae retikulum endoplasma. Termasuk dalam kelompok arbovirus adalah virus yellow fever dan virus dengue. Kebanyakan dari mereka ditularkan melalui arthropoda yang menghisap darah. Virus Hepatitis C tidak mempunyai vektor.
H. Arenavirus
Gambar Model Proyeksi Molekuler Picornavirus
Virus ini berukuran kecil sekitar 28 - 30 nm, virus ini resisten dengan ether, mempunyai tangkup yang berbentuk kubus. Genom RNA untai tunggal dan positif-sense yaitu dapat melayani sebagai suatu mRNA, ukuran 7,2-8,4 kb. Kelompok virus yang menginfeksi manusi adalah enterovirus (polio-coxsackie dan echovirus serta virus yang tak common cold) dan hepatovirus (hepatitis A). Rhinovirus bersifat labil terhadap asam dan mempunyai densitas yang kuat. Enterovirus bersifat stabil terhadap asam dan densitasnya rendah. Picornavirus menginfeksi binatang termasuk penyakit kaki dan mulut pada sapi dan ensefalomyocarditis pada tikus.
B. Astrovirus
Gambar Astrovirus Pada Mikroskop Elektron
Virus ini berukuran sama dengan Picornavirus yaitu sebesar 28-30 nm tetapi partikelnya mungkin menunjukkan gambaran garis luar seperti bentuk bintang tertentu pada permukaannya. Genom linier, positif-sense, RNA untai tunggal ukuran 7,2-7,9 kb. Agen ini mungkin penyebab gastroenteritis pada manusia dan binatang.
C. Calicivirus
Gambar Rabbit Calicivirus pada Mikroskop Elektron
Virus ini mempunyai ukuran yang sama dengan Picornavirus tetapi agak sedikit lebih besar sekitar 27 - 38 nm. Partikelnya kelihatan mempunyai depresi berbentuk piala pada permukaannya. Genom RNA untai tunggal berukuran 7,4-7,7 kb, positif-sense. Virion tidak memiliki amplop. Virus patogen terhadap manusia yang penting adalah Virus Norwalk, virus ini menyebabkan gastroenteritis akut epidemik dan Hepatitis E virus. Agen lainnya menginfeksi tikus, singa lautm dan primata.
D. Reovirus
Gambar Proyeksi Molekuler Reovirus
Virus ini berukuran medium sekitar 60-80 nm, resisten terhadap ether, non amplop dan mempunyai tangkup berbentuk icosahedral. Partikel mempunyai 2 atau 3 mantel protein dengan saluran memanjang dari permukaan sampai inti, rambut pendek menjuntai dari permukaan virion. Genom linier untai ganda, RNA bersegmen berukuran total 16-27 kbp. Ukuran segmen RNA secara individual antara 680-3900 bp. Replikasi terjadi di dalam sitoplasma. Pemisahan kembali segmen genom terjadi secara cepat. Reovirus manusia termasuk rotavirus yang mempunyai gambaran bentuk roda gigi tertentu yang menyebabkan gastroenteritis. Reovirus yang secara antigen sama, menginfeksi beberapa binatang. Genus Coltivirus termasuk virus demam sengkenit Colorado adalah virus manusia.
E. Arbovirus
Gambar Proyeksi Molekuler Arbovirus
Suatu kelompok ekologik virus (bukan famili virus) mempunyai sifat-sifat fisik dan kimia yang berbeda-beda. Semua virus ini (lebih dari 350) mempunyai siklus kompleks melibatkan arthropoda sebagai vektor memindahkan virus ke inang bertulang belakang (vertebrata) dengan cara menggigit. Replikasi virus rupanya tidak melukai arthropoda yang di infeksinya. Arbovirus menginfeksi manusia, mamalia, burung dan ular serta menggunakan nyamuk dan sengkenit (ticks) sebagai vektor. Patogen manusia diantaranya virus dengue, Yellow fever, ensefalitis, dan lainnya. Arbovirus mempunyai bermacam-maca famili virus yaitu meliputi Reo- ,Toga-, Bunya, Rhabdo-, dan Arenavirus.
F. Togavirus
Gambar Struktur 3 Dimensi Togavirus
Merupakan beberapa arbovirus utama yang patogen terhadap manusia disebut virus alfa, baik virus toga maupun virus rubella termasuk dalam kelompok ini. Mereka mempunyai amplop yang mengandung lipid dan sensitif terhadap ether, genom untai tunggal, RNA positif-sense berukuran 9,7-11,8 kb. Ukuran amplop virion sebesar 50-70 nm. Partikel virus berkembangbiak dengan cara pertunasan dari membran sel inang. Contohnya virus enchephalitis equina timur. Virus rubella tidak mempunyai vektor arthropoda.
G. Flavivirus
Gambar Struktur 3 Dimesi Flavivirus
Virus ini memiliki diameter amplopnya sebesar 45-60 nm, mengandung RNA untai tunggal, positif sense. Ukuran genom bervariasi dari 9,5kb (Hepatitis C) sapai 10,7 kb (flavivirus) dan ada yang sampai 12,5 kb (pestivirus). Virion berkembangbiak mengumpul di dalam sisternae retikulum endoplasma. Termasuk dalam kelompok arbovirus adalah virus yellow fever dan virus dengue. Kebanyakan dari mereka ditularkan melalui arthropoda yang menghisap darah. Virus Hepatitis C tidak mempunyai vektor.
H. Arenavirus
Gambar Arenavirus
Pleomorfik, berukuran amplop virus antara 50-300 nm. Genom bersegmen, RNA sirkuler untai tunggal negatif-sense dan ambisense dengan ukuran total 10-14 kb. Replikasi terjadi di dalam sitoplasma dengan perakitan melalui pertunasan pada membran plasma, Virion menyatu dengan ribosom sel inang selama proses perkembangan virus tersebut, yang memberikan gambaran partikel berpasir. Semua arenavirus yang patogenik terhadap manusia menyebabkan infeksi kronis pada binatang pengerat (Rodensia). Salah satu contohnya adalah virus demam Lassa dari Afrika. Virus ini memerlukan kondisi penyimpanan yang maksimum di laboratorium.
I. Coronavirus
Gambar Struktur Coronavirus
Virus ini mempunyai amplop (terbungkus), ukuran sekitar 80 - 220 nm, partikel berisi genom positif-sense tak bersegmen, RNA untai tunggal berukuran 20-30 kb, nukleokapsid heliks dengan diameter 10-20 nm. Coronavirus mirip orthomyxovirus tetapi mempunyai proyeksi permukaan berbentuk daun bunga yang tersusun atas rumbai-rumbai seperti corona matahari (lingkaran cahaya seputar matahari). Nukleokapsid coronavirus tumbuh du dalam sitoplasma dan matang melalui pertunasan kemudian masuk ke dalam vesikel sitoplasmik. VIrus ini mempunyai rentang inang yang pendek, Coronavirus pada manusia menyebabkan penyakit infeksi saluran pernapasan akut yang disebut colds (selesma). Torovirus yang menyebabkan gastroenteritis adalah sebuah genus yang berbeda/tersendiri. Coronavirus pada binatang secara cepat menyebabkan infeksi persistensi yang meliputi hepatitis virus pada tikus dan virus bronkitis unggas yang infeksius.
Berbentuk spheris (berbentuk bola), virus beramplop (diameter sekitar 80-100 nm( berasal dari genom yang berisi 2 RNA linier, positif-sense, untai tunggal dari polaritas yang sama sebagai mRNA virus. Setiap monomer RNA berukuran 7-11 kb. Partikel berisi nukleokapsid heliks di dalam kapsid icosahedral. Replikasinya unik. Virion berisi suatu enzim reverse transkriptase yang menghasilkan tiruan DNA dari genom RNA. DNA ini bersirkulasi dan bersatu ke dalam kromosom DNA inang. Virus kemudian direplikasi dari turunan DNA provirus yang terintegrasi. Rangkaian virion terjadi dengan cara pertunasan pada membran plasma. Inang tetap terinfeksi secara kronis. Retrovirus tersebar luas; Ada juga provirus endogen yang dihasilkan dari infeksi kuno dari sel germ yang ditularkan sebagai warisan gen pada kebanyakan spesies. Termasuk dalam kelompok ini yaitu virus leukimia dan sarkoma pada manusia dan binatang, virus seperti busa pada primata dan lentivirus (virus imunodefisiensi pada manusia; visna dari domba). Retrovirus menyebabkan AIDS dan memungkinkan identifikasi onkogen seluler.
K. Bunyavirus
Gambar Struktur Bunyavirus
Virus tersebut berbentuk bulat atau pleomorfik. Partikel beramplop ukuran 80-120 nm. Genom terbuat dari RNA segmen lipat tiga, sirkuler, untai tunggal dengan negatif-sense atau ambisense, secara keseluruhan berukuran 11-21 kb. Partikel virion berisi 3 nukleokapsid sirkuler, bentuk tangkup heliks dengan diameter kira-kira 2,5 nm dengan panjang 200-3000 nm. Replikasi terjadi di dalam sitoplasma dan amplop diperoleh melalui pertunasan dalam badan golgi. Virus ini ditularkan kepada vertebrata oleh arthropoda (arbovirus). Hantavirus tidak ditularkan oleh arthropoda tetapi oleh rodensia (pengerat) yang mengalami infeksi presisten, melalui aerosol sekret yang terkontaminasi. Mereka menyebabkan demam berdarah dan nefropati dan juga sindrom paru-paru berat.
Gambar Struktur Virus Influenza
Virus ini mempunyai ukuran medium sekitar 80-120 nm, virus terbungkus (beramplop), menunjukkan tangkup berbentuk heliks. Partikelnya bisa bulat atau serabut (filamentosa), dengan proyeksi permukaan mengandung aktivitas hemaglutinin dan neuraminidase. Genom RNA linier, bersegmen untai tunggal negatif-sense berukuran total 10-13,6 kb. Segmen setiap nukleotida berkisar antara 900-2350 nm. Nukleoprotein heliks internal berukuran 9-15 nm. Selama replikasi, nukeokapsid terangkai di dalam nukleus, sementara haemaglutinin dan neuraminidase terkumpul di dalam sitoplasma. Virus menjadi matang melalui pertunasan pada membran sel. Semua orthomyxovirus adalah virus influenza yang menginfeksi manusia atau binatang. Sifat genom virus yang bersegmen memungkinkan pemisahan genetik secara cepat ketika virus influenza menginfiltrasi sel yang sama , agaknya dapat memelihara angka variasi natural yang tinggi diantara virus influenza. Penularan dari spesies lain menjelaskan timbulnya strain pandemi virus influenza A baru pada manusia.
Gambar Struktur Paramyxovirus
Virus ini sama dengan orthomyxovirus namun sedikit lebih besar (150-300 nm). Partikel pleomorfik. Nukleokapsid internal berukuran 13-18 nm, dan RNA linear, untai tunggal, negatif sense, tidak bersegmen, berukuran 16-20 kb. Baik nukleokapsid maupun hemaglutinin dibentuk di dalam sitoplasma. Virus yang menginfeksi manusia meliputi viru mumps (gondong), measles (campak), parainfluenza, dan sinsitium pernapasan. Virus ini mempunyai rentang inang yang sempit. Berbeda dengan virus influenza, Paramyxovirus lebih stabil secara genetik.
Gambar Struktur Virus Rabies
Virion ini berbentuk mirip dengan peluru yaitu datar pada satu sisi dan sisi lainnya bulat, terbungkus (beramplop) dengan ukuran 75x180 nm. Bungkus (amplop) mempunyai rambut yang berukuran 10 nm. Genom RNA linier, negatif-sense, untai tunggal dan tidak bersegmen dengan ukuran 13-16 kb. Partikel-partikelnya dibentuk melalui pertunasan dari membran sel. Virus ini mempunyai rentang inang yang luas. Virus Rabies termasuk salah satu dari kelompok ini.
Gambar Proyeksi Moleculer Struktur Virus Borna
Virus ini terbungkus (berapmplop), virus berbentuk spheris (0-125nm), genom RNA linier, negatif sense, untai tunggal tidak bersegmen dengan ukuran 8,5-10,5 kb. Virus ini unik diantara virus-virus yang mempunyai RNA negatif negatif-sense yaitu replikasi dan transkripsi genom viral terjadi di dalam nukleus. Virus penyakit borna bersifat neurotropik dan dapat menyebabkan gangguan neuropsikiatri pada manusia.
Gambar Struktur Ebola Virus
Virus ini berbentuk pleomorfik terbungkus (beramplop) dan mungkin bisa tampak sangat panjang mirip seperti benang. Ciri khasnya adalah lebar sekitar 80 nm dan panjang kira-kira 1000 nm. Bungkus (amplop) berisi peplomer besar. Genom RNA linier, negatif-sense, untai tunggal dengan ukuran 19,1 kb. Virus Ebola dan Marburg menyebabkan demam berdarah berat di Afrika. Virus ini memerlukan kondisi penyimpanan maksimum (biosafety derajat 4).
Q. Virus-virus yang Lain
Informasi ini tidak cukup untuk memungkinkan klasifikasi. Ini dipakai terhadap agen yang menimbulkan beberapa penyakit virus yang lambat atau tidak sesuai dengan adat kebiasaannya, meliputi gangguan neurologik degeneratif seperti penyakit kuru atau Creutzfeldt-Jakob atau scarpie of sheep serta pada beberapa virus gastroenteritis.
R. Viroids (menyerupai virus)
Agen infeksius kecil yang menyebabkan penyakit tanaman. Viroid adalah agen yang tidak sesuai sebagai definisi virus klasik. Asam nukleatnya tanpa mantel protein (BM 70.000-120.00). Viroid tanaman memiliki molekul RNA untai tunggal, sirkuler tertutup secara kovalen, terdiri dari kira-kira 360 nukleotid yang mengisi struktur basa berpasangan seperti tongkat yang tinggi. Viroid melakuakan replikasi secara keseluruhan dengan mekanisme baru, yaitu RNA viroid tidak mengkodekan beberapa hasil protein; penyakit yang membinasakan tanaman yang disebabkan oleh viroid terjadi dengan mekanisme yang tidak diketahui. Sampai hari ini, viroid telah dideteksi hanya pada tanaman dan tidak seorangpun yang dapat menunjukkan viroid ada pada manusia atau binatang.
Q. Virus-virus yang Lain
Informasi ini tidak cukup untuk memungkinkan klasifikasi. Ini dipakai terhadap agen yang menimbulkan beberapa penyakit virus yang lambat atau tidak sesuai dengan adat kebiasaannya, meliputi gangguan neurologik degeneratif seperti penyakit kuru atau Creutzfeldt-Jakob atau scarpie of sheep serta pada beberapa virus gastroenteritis.
R. Viroids (menyerupai virus)
Agen infeksius kecil yang menyebabkan penyakit tanaman. Viroid adalah agen yang tidak sesuai sebagai definisi virus klasik. Asam nukleatnya tanpa mantel protein (BM 70.000-120.00). Viroid tanaman memiliki molekul RNA untai tunggal, sirkuler tertutup secara kovalen, terdiri dari kira-kira 360 nukleotid yang mengisi struktur basa berpasangan seperti tongkat yang tinggi. Viroid melakuakan replikasi secara keseluruhan dengan mekanisme baru, yaitu RNA viroid tidak mengkodekan beberapa hasil protein; penyakit yang membinasakan tanaman yang disebabkan oleh viroid terjadi dengan mekanisme yang tidak diketahui. Sampai hari ini, viroid telah dideteksi hanya pada tanaman dan tidak seorangpun yang dapat menunjukkan viroid ada pada manusia atau binatang.
REFERENCE
Chiu W, Burnett RM, Garcea RL (editors) : Structural Biology of Viruses. Oxford Univ Press, 1997.
Fields BN et al (editors): Field Virology, 3rd ed. Lippincott-Raven, 1996.
Murpy FA et al (editors): Virus taxonomy: Classification and nomenclature of viruses. Sixth report of the International Commitee on Taxonomy of Viruses. Arch Virol 1995;(Suppl 10).
Nathanson N: The embergence of infectious diseases: Societal causes and consequences. ASM News 1997;63:83.
Preventing emerging infectious diseases: a strategy for 21st century. Overview of the updated CDC plan. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 1998;47(RR-15):1.
Terimakasih kawan sudah mau membaca postingan saya untuk lebih lengkapnya dapat mendownload buku biologi virus dengan klik di bawah ini :
> Buku Biologi Virus 1
> Buku Biologi Virus 2
> Buku Biologi Virus 3
> Buku Biologi Virus 1
> Buku Biologi Virus 2
> Buku Biologi Virus 3
Contact Persons
Facebook : Virologist
Email : violkharisma@gmail.com
NOTE
KALAU COPY PASTE TIDAK APA NAMUN HARUS DISERTAI LINKNYA TERIMAKASIH
No comments:
Post a Comment