Software Pymol

Software Pymol

PyMOL merupakan salah satu program visualisasi molekuler open source yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu hasil visualisasi molekuler agar lebih berkualitas. Berikut ini saya rangkumkan beberapa tips dan trik penggunaan PyMOL bagi pengguna awam tentunya, kalau yang udah mahir mungkin bisa memberikan koreksinya. Setelah mempelajari (dan semoga sudah menguasai) CLI, maka tahap selanjutnya yang disarankan sebelum bergerak ke teknik yang lebih terarah adalah mengusai teknik visualisasi molekul. Dengan mengusai teknik ini, setidaknya peneliti bisa mempelajari molekul baik target maupun desain ligan dan menampilkan dalam laporan penelitian/publikasi ilmiah maupun presentasi yang cantik.  Dengan menguasai teknik ini saja (dan tentunya dengan latar belakang sebagai kimiawan medisinal), metode rancangan obat berbasis struktur (ROBS); atau dalam Bahasa Inggris structure-based drug design (SBDD)) secara de novo.

Berikut merupakan langkah-langkah untuk mengoperasikan aplikasi Pymol

 Cara I

a. Klik Start

b. Klik Ubuntu Software Center

c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri

d. Klik Chemistry

e. Klik Tombol Install pada SoftwarePyMOL

     Cara II 

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator

b. Ketik: sudo apt-get install PyMOL

c. Klik Enter 

     Cara III

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator

b. Ketik: sudo dpkg -i (PyMOL).deb

c. Klik Enter

berikut adalah tutorial penggunaan aplikasi Pymol

Buka aplikasi Pymol akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.

 Klik toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak pilihan, missal kita pilih fitur Residue →Aspartate

kemudian apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge kita bisa pilih fitur L-toolbar → other properties → formal charge

jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius

untuk mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol

pilih S-toolbar → dots

dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface

Get view dan kemudian Orient

Aplikasi Pymol ini juga bermanfaat untuk proses docking dan squencing DNA secara Bioinformatika dan menghasilkan output yang relevan, terimakasih kawan sudah mau membaca postingan saya ini untuk mendownload aplikasi Pymol dapat klik disini