LAPORAN PRAKTIKUM
MIKROBIOLOGI UMUM
ANALISIS KLADOGRAM
Oleh :
Viol Dhea Kharisma
135090107111007
Kelompok 6A
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2015
Analisis Kladogram
Viol Dhea Kharisma
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Brawijaya
ABSTRAK
Filogenetik merupakan kajian mengenai hubungan evolusi diantara organisme atau gen dari unit taksonomi, yang dipelajari menggunakan kombinasi antara biologi molekuler dan teknik statistik. Dasar klasifikasi yang digunakan dalam sistem filogenetik adalah persamaan dan perbedaan sifat anatomi dan morfologi. Sistem tersebut mencerminkan urutan perkembangan serta jauh dekatnya kekerabatan antartakson, selain mencerminkan persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi. Fenetik adalah suatu studi yang mengklasifikasikan berbagai macam organisme berdasarkan kesamaan atau kemiripan morfologi dan sifat lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada asal evolusi organisme bersangkutan. Jadi dalam studi ini, lebih ditekankan adanya proses konvergensi evolusi berdasarkan dari hal yang telah dijelaskan bahwa pentingnya dilakukan praktikum ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan mikroorganisme satu dengan lainnya dengan menggunakan analisis kladogram Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis data yang telah dilakukan bahwa indeks similaritas antara spesies A dan B itu sekitar 70% dan spesies C dan D sekitar 84% jadi yang lebih similar atau memiliki indeks kemiripan yang paling tinggi adalah spesies C dan D berdasarkan analisis dengan menggunakan aplikasi atau program Free Tree dan Tree View, kemudian pada program analisis clad diperoleh nilai HTU I yaitu sebesar 1,00000 dan HTU2 sebesar 0,915264 serta HTU3 sebesar 0,737288 pada spesimen Bacillus, isolat E1B1, dan E2B1. Bahwa spesies hasil dari praktikum ini memiliki kesamaan dalam hubungan kekerabatan tingkat family karena memilik indeks similaritas lebih dari 70%. Jika suatus spesies memiliki indeks similaritas yang besar maka indeksnya mencapai diatas 95% atau diatas 90% yang berarti spesies tersebut terletak dalam satu genus.
Kata kunci : Bacillus, CLAD, Fenetik, Filogenetik, Free Tree, Tree View
Analysis Cladogram
Viol Dhea Kharisma
Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences,
Universitas Brawijaya
ABSTRACT
A phylogenetic study of the evolutionary relationships between organisms or genes from a taxonomic unit, which was studied using a combination of molecular biology and statistical techniques. Basic classification used in the phylogenetic system are similarities and differences in anatomical and morphological properties. The system reflects the sequence of development as well as the nearby kinship antartakson far, in addition to reflecting similarities and differences in morphology and anatomy. Fenetik is a study which classifies the various kinds of organisms based on similarities or morphologies and other properties that can be observed is not dependent on the origin of the evolution of the organism in question. So in this study, emphasized the convergence process of evolution is based on the case that has been explained that the importance of this lab is performed to determine the relationship of kinship with each other microorganisms using cladogram Based on the analysis of the observations and analysis of data has been done that the index of similarity between species A and B was approximately 70% and species C and D of about 84% so that more Similar or have the highest similarity index is a species C and D based on the analysis by using an application or program Free Tree and Tree View, then the program clad analysis obtained HTU I value that is equal to 1,00,000 and HTU2 of 0.915264 and 0.737288 on the specimen HTU3 of Bacillus, isolates E1B1, and E2b1. That species results from this lab has a similarity in the level of family kinship as having an index of more than 70% similarity. If some species has a great similarity index, the index reached above 95% or above 90%, which means that the species is located in one genus.
Keywords: Bacillus, Clad, Fenetik, Phylogenetic, Free Tree, Tree View
BAB III
METODE PRAKTIKUM
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum dengan judul “Analisis Kladogram “ yang dilaksanakan pada tanggal 28 April 2015 hari Kamis pada pukul 11.15-15.00 di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya Malang.
3.2 Program CLAD
Pertama, tanda +/ - diganti menjadi + saja atau – saja kemudian table di copy lalu di paste transposes pada sheet yang baru kemudian tanda – diganti dengan 0, + dengan 1 kemudian copy baris nama isolate sampai akhir karakter uji kemudian dipaste di notepad kemudian diganti nama isolate dengan ABC kemudian jarak dihapus lalu bari 1 : 04 (9 jumlah isolate) ,lalu baris 2 = 059 (jumlah bakteri) baris ketiga diberi tanda * lalu nama isolate diberi tanda petik lalu sama dengan “A” = dan seterusnya tanpa spasi kemudia diklick save file kemudian program CLAD dibuka lalu diklik open file yang ada di note pad tadi kemudia klik Construct Fenetic kemudian diklik ok lalu klik fenetic tool dan di klik AUGEN kemudian full automatic di pilih kemudiaan klik ok.
3.3 Program Free Tree dan Tree View
Pertama, data di excel dicopy kemudian di paste transpose di sheet baru lalu dibuat satu baris dibawah nama isolate kemudian di tekan ctrl+a lalu di paste di notepad baru lalu nama isolate diubah menjadi ABCD kemudia di klik save file lalu program free tree dibuka kemudian diklik file open analysis kemudian file dipilih dan diklik open lalu di pilih distance similarity matrick dan dicentan pada UPGMA lalu di klik G local and sneath lalu di klik bootstrapping dan klik 5000 kemudian repetition count dipilh dan run diklik kemudian references tree dan copy text tepresentation di klik kemudian program tree view di buka dan pilih edit dan paste lalu klik rectangular cladogram kemudian diklik internal labels dan selesai.
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Analisis Hasil
untuk lebih lengkapnya dapat download versi full disini
4.1.2 Interpretasi Data
Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis data yang telah dilakukan bahwa indeks similaritas antara spesies A dan B itu sekitar 70% dan spesies C dan D sekitar 84% jadi yang lebih similar atau memiliki indeks kemiripan yang paling tinggi adalah spesies C dan D berdasarkan analisis dengan menggunakan aplikasi atau program Free Tree dan Tree View, kemudian pada program analisis clad diperoleh nilai HTU I yaitu sebesar 1,00000 dan HTU2 sebesar 0,915264 serta HTU3 sebesar 0,737288 pada spesimen Bacillus, isolat E1B1, dan E2B1. Bahwa spesies hasil dari praktikum ini memiliki kesamaan dalam hubungan kekerabatan tingkat family karena memilik indeks similaritas lebih dari 70%. Jika suatus spesies memiliki indeks similaritas yang besar maka indeksnya mencapai diatas 95% atau diatas 90% yang berarti spesies tersebut terletak dalam satu genus.
4.1.3 Perbedaan Fenetik dan Filogenetik
Filogenetik merupakan kajian mengenai hubungan evolusi diantara organisme atau gen dari unit taksonomi, yang dipelajari menggunakan kombinasi antara biologi molekuler dan teknik statistik. Dasar klasifikasi yang digunakan dalam sistem filogenetik adalah persamaan dan perbedaan sifat anatomi dan morfologi. Sistem tersebut mencerminkan urutan perkembangan serta jauh dekatnya kekerabatan antartakson, selain mencerminkan persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi. Taksonomi filogenetik merupakan pengelompokan spesies atau jenis baru dengan cara analisis molekuler dan morfologi. Jadi pada dasarnya, klasifikasi sistem filogenetik disusun berdasarkan persamaan fenotip yang mengacu pada sifat-sifat bentuk luar, faal, tingkah laku yang dapat diamati, dan pewarisan keturunan yang mengacu pada hubungan evolusioner jenis nenek moyang hingga cabang-cabang keturunannya. Terdapat dua metode pendekatan analisis dalam ilmu sistematika filogenetik yaitu fenetik dan kladistik. Filogenetik pemisahan ke dalam hubungan evolusioner (clades), berdasarkan perbandingan genom kemungkinan akan menggantikan phenotypical (phenetic) taksonomi dari prokariota. Fenetik adalah suatu studi yang mengklasifikasikan berbagai macam organisme berdasarkan kesamaan atau kemiripan morfologi dan sifat lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada asal evolusi organisme bersangkutan. Jadi dalam studi ini, lebih ditekankan adanya proses konvergensi evolusi.
Kesalahan yang terjadi pada praktikum dendogram ini adalah kurang teliti saat memasukkan data di note atau ada salah satu yang terhapus akibatnya output data dari program CLAD dan Tree view dan Free Tree tidak valid atau obyektif.
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan dari hasil pengamatan dan analisis melalui program CLAD dan free tree serta tree view yang telah dilakukan bahwa spesies yang dianalisis memiliki indeks similarity diatas 70-75% berarti spesies tersebut terletak dalam satu family yang sama kemudian jika suatu spesies dikatakan memiliki indeks similarity yang tinggi jika suatu spesies indeksnya sekitar diatas 90 – 95% baru tergolong terletak dalam genus dan spesies yang sama.
Perlu dilakukan penjelasan ulang mengenai metode analisisnya dan cara penetapan indeks similarity suatu spesies.
Terimakasih kawan sudah membaca postingan saya kali ini, semoga mendapatkan ilmu yang bermanfaat, untuk mendownload laporan full versi dapat klik disini
No comments:
Post a Comment